El puerto de Guaymas es un puerto multipropósito y desarrolla las siguientes líneas de negocio:

• Carga de granel mineral: Es la principal línea de negocio que opera el puerto en carga comercial. Para el 2010, la operación de carga y descarga del puerto representó alrededor del 75% del total de la carga comercial movilizada por el puerto. El movimiento de esta carga se ve fortalecido tanto por su cercanía a los grandes yacimientos mineros del noroeste del país, así como por el movimiento de mineral en tránsito. Esta última modalidad, se considera como la de mayor potencial, lo que permite anticipar la consolidación de esta línea negocio como una de las más representativas para el puerto en el corto y mediano plazo.

• Carga de granel agrícola: Es la segunda línea de negocio de mayor importancia del puerto hoy en día. Los productos que se movilizan por el puerto, como el trigo y el maíz, provenientes del estado de Sonora y del norte del estado de Sinaloa tienen en el puerto su principal ventana al comercio exterior. También destaca el movimiento de granel en tránsito, el que viene registrando un gran dinamismo en los últimos años.

• Carga general suelta: Actualmente su participación dentro del movimiento de carga total es aún incipiente, participa con el 4.0% del total de carga manejada. Sin embargo, su importancia radica en el aprovechamiento de la oportunidad que le brinda al puerto el crecimiento económico de la zona, principalmente en cargas vinculadas al crecimiento de la industria automotriz, la maquiladora y el transporte de vehículos.

• Fluidos no petroleros: Su participación en el total de la carga comercial movilizada está en fase de desarrollo, aunque representa un gran potencial debido a su cercanía a los centros de producción agropecuaria y a la industria en el Noroeste del país. Actualmente se transportan por el puerto fertilizante líquido y ácido sulfúrico entre otros productos dentro de esta línea de negocio.

• Carga contenerizada: Es una línea de negocio en fase de desarrollo en el puerto, pero con un importante potencial. Su principal mercado se encuentra en la región noroeste del país y en el Sur de los Estados Unidos.

Las cargas en contenedores con origen o destino en el Noroeste del país, particularmente Sonora, se mueven actualmente por los puertos de Mazatlán, Ensenada y Manzanillo. Dichos tráficos constituyen la base para impulsar esta actividad en el puerto.

• Fluidos petroleros: Dedicada principalmente a la atención de embarcaciones provenientes en su mayoría del puerto de Salina Cruz con carga de petróleo y derivados. El desarrollo de fuentes alternas de energía puede constituir una oportunidad para atraer nuevas cargas por el puerto.

• Cruceros: Área de negocios en fase de desarrollo, en razón de haberse detonado hace unos pocos años y que fue afectada por la epidemia del AH1N1, la crisis inmobiliaria de Estados Unidos y el problema de seguridad en otros destinos, sin embargo se espera que los efectos de esta problemática sea pronto superada. Los atractivos turísticos existentes en la zona, particularmente en el Mar de Cortés, así como la búsqueda de nuevos destinos abre importantes oportunidades para la expansión de esta actividad, lo cual no solo es importante para la actividad portuaria, sino mayormente para la economía de la región, a partir de la derrama económica que se genera.

• Actividades logísticas: Con el impulso a esta actividad, complementaria a los servicios portuarios, el puerto amplia su gama de infraestructura y servicios para la atracción de cargas e inversiones, particularmente a partir de la instalación de empresas generadoras de carga.